Su renombre Auqui, significa “hijo del rey, príncipe heredero” en el parentesco de los gobernantes incas.

Su madre fue Tocto Ocllo, una de las esposas de Atahualpa. Ocllo es una estirpe real de Hatun Ayllu (frente a su opuesto el Cápac Ayllu), es decir, el linaje matrilineal de las mujeres secundarias de un rey, llamadas pallas, proveniente de la línea de Pachacútec, como asegura Burgos (1995: 169, 176 y 180-183). No es conocido el lugar de nacimiento, pero no fue Quito, sino en alguna parte del Chinchasuyu, cuadrante en donde se iba a construir el nuevo imperio de los incas. Está confirmado que durante el avance de Atahualpa sobre el Cuzco, estando en Cajamarca, envío de regreso a sus hijos a Quito, antes de la llegada de los españoles, entre los que estaba Francisco “topa-atauchi”, niño todavía, viajando bajo custodia de cuatro mil indios. El Libro de Cabildos indica que Francisco y sus hermanos cayeron primero en manos de Rumiñahui, después de la muerte del inca (1533), y éste los escondió en Los Yumbos, un señorío de montaña no lejos de la capital. [...]