Cinco años antes de su nacimiento, su padre, José de Tafalla y Baduz, se estableció en Corella, en calidad de boticario. No se sabe si Juan realizó estudios para ejercer como boticario. Lo que se conoce es que Juan practicó en la botica paterna hasta la edad de veinte años, cuando se enroló como soldado del Regimiento de Infantería de Soria. El Regimiento partió desde Cádiz, con destino al Perú, con la misión de ayudar a detener la sublevación de los indígenas capitaneados por Tupac Amaru. Además de sus funciones como soldado, debía actuar como boticario del regimiento.

A comienzos del siglo xviii había surgido una dura controversia, entre los científicos y sus respectivas Academias de París y Londres. La Academia de Ciencias de París sostenía que la tierra era alargada hacia los polos. En cambio, los ingleses, sostenían que la tierra era aplanada hacia los polos, de acuerdo con los cálculos de Newton. Para poner punto final a la áspera polémica, la Academia de París resolvió enviar a Sudamérica, una misión para que realizase las mediciones de un arco de meridiano al norte y al sur de la línea equinoccial. Para el efecto se escogió el territorio de la Real Audiencia de Quito. A los académicos, además de sus investigaciones geodésicas les interesaba reconocer los árboles de quina. La Condamine y el botánico Joussieu viajaron a Loja y la Condamine hizo la primera descripción botánica de la planta que, más tarde, Linneo denominó Cinchona succirrubra (1737). Por ese entonces había gran interés, en Europa, por la quina o cascarilla, droga maravillosa que curaba la malaria o paludismo y que era originaria de la zona de Loja, al sur de la Real Audiencia de Quito. [...]