A lo largo del siglo XVIII, la Inquisición languidecía y su situación financiera era muy precaria, lo que no impidió el crecimiento de su burocracia. Las críticas de los ilustrados al Santo Oficio, en palabras de García Cárcel, “mezclaban los argumentos regalistas (afán de imponer los criterios del Estado sobre la Iglesia) y los ideológicos (defensa del principio de la tolerancia)”.

Los padres de Francisco Javier Mier y Campillo, José Antonio de Mier y Mier y Josefa del Campillo y Cossío, lo llevaron a bautizar tres días después de su nacimiento, haciéndolo, con los nombres de Francisco Javier Juan Domingo, el presbítero Diego Villar de Mier —con licencia del cura de Ruenes y teniente de la parroquia de San Pedro de Pecín, Antonio José de Trespalacios—. Fueros sus padrinos Juan del Campillo, viudo, y Petronila de Mier, soltera. En el margen de la partida bautismal alguien anotó: “Obispo. [...]