Hijo de Gonzalo Alonso de Navarrete y de Juana Benita de Mena, vecinos de Logroño pero procedentes de la villa de Navarrete, entró a formar parte del Cabildo de la Iglesia Apostólica de Santiago en 1594.

Allí ocupó varios cargos: procurador de la mesa capitular, secretario, alcalde del Cabildo, vicario del deán, archivista, relicario y visitador de la Hacienda capitular. Toda esta labor administrativa le permitió a Navarrete conocer de primera mano las principales quejas de los campesinos que cultivaban las tierras de sus tenencias y constatar la importancia de la agricultura para el Estado. Estas tareas en el Cabildo las compaginó con la labor académica en la Universidad de Santiago de Compostela, primero como visitador ordinario (1595) y posteriormente como vicerrector en ausencia del rector. Navarrete llegó incluso a ejercer temporalmente funciones de rector en 1597. Durante su estancia en la universidad fue sustituto de la cátedra de Cánones. Allí obtuvo el grado de licenciado en Cánones, aunque posiblemente entonces ya tendría una primera licenciatura de la Universidad de Salamanca. Su vinculación con el claustro universitario desapareció en 1598. A finales de 1599 Navarrete abandonó la ciudad jacobea para ofrecer sus servicios a la Corona. Su carrera en la Corte la desempeñó al servicio del cardenal infante Fernando, hermano menor de Felipe IV, de quien fue capellán y secretario personal. Durante ese período realizó un viaje a Roma como embajador de Felipe III para gestionar asuntos relativos a la Capilla Real. También, como él mismo agrega en la portada de su obra Conservación de Monarquías y Discursos Políticos, fue consultor del Santo Oficio de la Inquisición. [...]