Hijo de Juan de Ugarte y de María de Vargas, fue uno de los catorce hijos del matrimonio. Su hermano Pedro de Ugarte (1771-1745) fue también jesuita y misionero de la California.

En 1679 entró en la Compañía de Jesús de México, ingresó en el noviciado de Tepozotlán. En 1683 estudió Filosofía en el Colegio Máximo de San Pedro y San Pablo, en la Ciudad de México. Fue maestro de Filosofía en el mismo Colegio, donde en 1696 conoció a los padres Eusebio Quino y Juan María de Salvatierra y decidió participar en su labor misionera en la Baja California. Su primera participación en las misiones consistió en recolectar fondos y asegurar el abastecimiento de éstas, estableciendo lo que llegó a ser el Fondo Piadoso de las Californias. En 1686 está como profesor de Gramática en el Colegio de Zacatecas. Dos años más tarde, regresó a la Ciudad de México, para impartir clases en el Colegio Máximo, y a mediados de 1688, impartió clases en San Ildefonso de Puebla. [...]