Segundo hijo de Juan de Borja, I conde de Mayalde y I de Ficalho, y de la portuguesa Francisca de Aragão e Barreto, era además, por vía paterna, nieto del famoso san Francisco de Borja, IV duque de Gandía, y primo, a su vez, de Francisco Gómez de Sandoval, duque de Lerma. Su genealogía evidenciaba un tipo de política matrimonial hispano-lusa nada sorprendente entre algunas familias de la aristocracia cortesana peninsular de los siglos xvi y xvii, incentivada durante la época de la Unión de Coronas (1580-1640).

Estos antecedentes situaron a Carlos de Borja en una posición óptima para diseñar una carrera política que se centró en los órganos consultivos de la Corte referentes a Portugal. Difícilmente podía haber sucedido de otro modo, ya que, además del peso específico del clan Borja-Aragón, que formaba uno de los dos o tres círculos de poder que prácticamente monopolizaban la política de la Corona en Portugal, su matrimonio con la VII duquesa de Villahermosa, María Luisa de Aragón y Wernstein, hija de Fernando de Aragón de Gurrea y de Borja, y de la baronesa Juana de Wernstein, le confirió una calidad social indiscutible. Fue en 1622 cuando comenzó a ostentar este título. Su parentesco con los Silva no le ahorró una primera batalla política por el control del Consejo de Portugal, que perdió en 1613, figurando algunos años sólo como consejero hasta alcanzar la presidencia el 16 de diciembre de 1617. Escorado hacia el conde duque de Olivares, logró mantenerse como presidente del máximo órgano luso en la Corte hasta 1633, año en que fue nombrado consejero de Estado. En esta fecha también culminó la política reformadora de la Corona iniciada en 1626, encaminada a debilitar el Consejo de Portugal, en aras de una serie de juntas sustraídas a la autoridad del mismo. [...]