Cuando entró en la Compañía de Jesús en Baeza en 1572, había desarrollado un proceso de formación intelectual, pues era profesor de aquella universidad menor, en la que prosiguió después. Desde 1584, leía en el colegio de los jesuitas en Córdoba, del cual llegó a ser prefecto de estudios. Era un hombre de la enseñanza, pero también de la predicación y del sacramento de la penitencia, como otros jesuitas de aquel tiempo. Jerónimo de Prado ejerció una notable influencia en escrituristas posteriores como Luis de Alcázar, pero también en el historiador Martín de Roa.

Cuando se encontraba en la casa profesa de Sevilla, Prado preparó sus comentarios al profeta Ezequiel. Era el año 1591. Francisco de Borja Medina sitúa la asociación entre el célebre arquitecto jesuita Juan Bautista Villalpando y el escriturista Jerónimo de Prado hacia 1580, para la preparación del comentario a la profecía de Ezequiel sobre el templo de Jerusalén. El provincial de Andalucía, Gil González Dávila, consideró que había que informar al prepósito general —el napolitano Claudio Aquaviva— acerca de la magnitud de esta obra. Este superior llamó a ambos autores a Roma en 1592. Éstos se encontraban buscando grabadores para la ilustración de esta obra. El planteamiento de la misma habría de discurrir en tres tomos y pretendía ser un “erudita reconstrucción y diseño del viejo templo salomónico”, según Borja Medina. El padre Prado no llegó a completar la obra requerida pues le sorprendió la muerte en los primeros días del año 1595. La dejó inconclusa en el capítulo 26. La hubo de completar el mencionado Juan Bautista de Villalpando, demostrando en la misma sus amplísimos conocimientos sobre arquitectura. [...]