Tercer hijo, segundo varón, de san Francisco de Borja, nació en Bellpuig cuando sus padres se dirigían a las Cortes de Monzón con el séquito real.

Realizó sus primeros estudios en la universidad fundada por su padre en Gandía (que fue la primera en el mundo, por cierto, regentada por los jesuitas) y cuando apenas contaba once años de edad, en 1544, su padre solicitó para él a Carlos I la gobernación de Játiva, pero el Emperador se la negó por la corta edad del muchacho. Cuatro años después, en 1548, ingresó ya en la Orden de Santiago y el 25 de junio de 1550 su padre le cedía la encomienda de la Reina. Fue además de I conde de Mayalde y I conde de Ficalho. Acompañó a su padre cuando éste abandonó Gandía (agosto 1550) para ingresar en la Compañía de Jesús; estuvo presente en su renuncia al ducado (Oñate, 11 de mayo de 1551) y le asistió en su primera misa (Azpeitia, 1 de agosto de 1551). Desde allí partió para Alcalá de Henares, en cuya universidad estudió Filosofía. [...]