Fernando de Borja y Aragón fue el quinto hijo del segundo matrimonio de Juan de Borja con Francisca de Aragón y Barreto. Por parte de padre era, por tanto, nieto de Francisco de Borja, general de la Compañía de Jesús y futuro santo. Juan de Borja fue un importante agente de poder del duque de Lerma durante los primeros años del reinado de Felipe III, y Fernando recibió su primer favor real cuando el 23 de marzo de 1603 Felipe le concedió la sucesión de su hermano mayor, Francisco, príncipe de Esquilache, como comendador mayor de la Orden de Montesa.

Además, ese mismo día, como señal de especial consideración, el propio Rey entregó a Fernando sus pruebas de nobleza. Felipe III abrió la puerta, entonces, a lo que prometía convertirse en una brillante carrera al enviar a Borja a Florencia como embajador especial para presentar sus condolencias por la muerte de Fernando I, gran duque de Toscana. A su regreso, le fue asignado un puesto clave de la Corte al ser nombrado uno de los cuatro gentilhombres de cámara en la recién establecida casa del heredero al trono (22 de noviembre de 1611). Era de esperar, entonces, que el favor del que había disfrutado Borja durante el reinado de Felipe III, se prolongase durante el reinado de su hijo. También fue nombrado menino de la infanta María. Sin embargo, se convirtió en víctima de la política de la Corte relacionada con la destitución de Lerma en 1618 y se le apartó de ella nombrándole lugarteniente del virrey y gobernador general de Aragón. [...]