Inició la carrera sacerdotal a los catorce años, que concluyó en el seminario de Salamanca en 1920. Trabajó seis años al servicio de su diócesis, los dos primeros con el cargo de coadjutor en Cantalapiedra, y los otros cuatro como teniente cura en la parroquia de Santa María de Sando y su anejo El Valejo. Desde el principio fue un modelo de sacerdote, “tras las huellas del Cura de Ars”, como dice su biógrafo Benigno Hernández. Uno de los frutos de su acción sacerdotal fue la abundancia de vocaciones que suscitó entre los jóvenes de su parroquia.

El 30 de julio de 1926 ingresó en la Compañía de Jesús. Hizo su noviciado en Carrión de los Condes (Palencia) y Salamanca (1926-1928) y pasó un curso en Oña (Burgos) repasando la Teología (1928- 29). Después fue destinado al seminario de Comillas (Cantabria) con el cargo de director espiritual de los seminaristas. Puede decirse que ése fue el único destino de su vida. Primero fue padre espiritual de los seminaristas pequeños (1929-1930) y, desde el curso siguiente, de los seminaristas mayores, a los que durante algunos años dio clases de Teología Pastoral y Teología Ascética y Mística. Cuando estalló la Guerra Civil estaba dando el mes de Ejercicios Espirituales a un grupo de sacerdotes. El 12 de agosto de 1936 fue detenido con toda la comunidad y conducido por un piquete de milicianos a Santander. Allí vivió disperso cinco meses, animando a los seminaristas dispersos y realizando actividades pastorales en la clandestinidad, en medio de no pocos peligros, pues en ese tiempo fueron asesinados veinticinco de los detenidos en Comillas (ocho jesuitas, once sacerdotes y seis seminaristas). En enero de 1937 logró un salvoconducto para trasladarse a Vizcaya, donde permaneció refugiado hasta el mes de junio. En agosto las tropas de Franco ocuparon Comillas, donde se reanudaron los estudios. El padre Nieto volvió a ejercer su cargo de padre espiritual de filósofos y teólogos desde 1937 hasta 1951, año en que se encargará exclusivamente de la dirección espiritual de los teólogos y de la Congregación Mariana. [...]