Segundo (o tercer) hijo de Francisco Javier María de Munibe e Idiáquez, X conde de Peñaflorida y fundador de la Real Sociedad Bascongada de Amigos del País y del Real Seminario Patriótico de Vergara, fue bautizado con los nombres de Ramón, María, Pablo, Martín, José, Antonio. A los catorce años ya era caballero- alumno de la Sociedad, a los veinte era socio viajero y a los veintidós socio de número y secretario perpetuo de la primera institución citada.

Comenzó sus estudios en la casa paterna con el ex jesuita francés Dussieux, y en 1770 inició un viaje por Europa con su preceptor, el abate Cluvier, para profundizar conocimientos de Física, Historia Natural y Matemáticas, un periplo para el que su padre obtuvo pasaportes regios y cartas de presentación para los embajadores en París, Copenague y Estocolmo. Era una gira de carácter privado, en línea con la tradición nobiliar europea, que lo diferenciaba de otros viajes de estudio becados por el Gobierno (a los hermanos Elhuyar y López de Peñalver, entre otros) y que ha de relacionarse —si no en su finalidad, sí en los países visitados y temas estudiados— con los iniciados por reputados científicos, como Jorge Juan y Antonio de Ulloa, y los proseguidos por militares como Enriqui (1750-51), Latre y Hurtado (1751-55) o Manes y Estachería (1751-1760). [...]