Fue la única hija de Fernando I de Portugal y Leonor Téllez de Meneses. Las dudas legales del enlace de sus padres —para muchos portugueses éste era nulo por la existencia de un matrimonio previo de Leonor— ensombrecerán la vida de la reina, porque muchos entendieron que Beatriz sólo era hija de la reina. Nació en Coimbra durante el cerco castellano de la ciudad por las tropas de Enrique II. La paz lusocastellana de Santarém de ese mismo año estableció, entre otros acuerdos, el futuro matrimonio de Beatriz con Fadrique, un bastardo de Enrique II, al que su padre concedió el ducado de Benavente. En las Cortes de Leiria de 1376, Beatriz fue jurada y reconocida por las ciudades y villas portuguesas, al tiempo que se ratificaba su futuro matrimonio con el duque de Benavente.

La falta de herederos varones del rey portugués, y la excesiva vinculación a la familia real castellana, provocaron un creciente descontento de la nobleza, que se tradujo en las conspiraciones de los hijos ilegítimos de Pedro I de Portugal e Inés de Castro, los célebres infantes de Portugal (Juan, Dinís y Beatriz), que buscaron refugio en Castilla. Estos infantes atacaban la legitimidad de Beatriz, apoyándose en la existencia de un primer matrimonio de Leonor Téllez con Juan Lorenzo de Acuña. Por este motivo, Fernando I declara en su testamento de 1378 que esos supuestos infantes carecen de todo derecho a la sucesión portuguesa. [...]