Tabulae seu Repertorium totius operis acuttissimi cesarei iuris Doctoris Didaci de Segura, Salamanca, 1520

Index seu Repertorium in Repetitionem Rubricae [...] Doctoris Ioannis López de Palacios Rubios, Lungduni, 1524

Regulae cum suis ampliationibus et fallentiis quingente numero, Burgos, 1528 (ed. muy ampl., Regulae octingentes numero cum suis ampliationibus et restrictionibus, Lungduni, 1546)

Instrucción de Perlados o memorial breve de algunas cosas que deben hacer para el descargo de sus conciencias y buena gobernación de sus obispados y diócesis, Alcalá de Henares, 1530

Epistola domino Alphonso de Fonseca, Alcalá de Henares, 1530

Carta al Capítulo General de los Franciscanos de la Regular Observancia celebrado en Toulouse el año 1532 (inéd.)

Reverendis admodum ac religiosissimis fratribus omnium sacrorum Ordinum totius universalis Ecclesiae, Mayorga, 1533

Doctrinae magistrales ex variis legum et canonum doctoribus perspicacissime excerptae, Lungduni, 1535

Aviso muy provechoso para todos los religiosos y predicadores, Alcalá, 1539

Soliloquio. Summa breve y muy compendiosa..., Burgos, 1541 (2.ª ed. corr. y aum., Soliloquio o razonamiento secreto con el ánima, Alcalá de Henares, 1553; intr. y ed. de T. Marín Martínez, Barcelona, Juan Flors, 1962)

Colloquium elegans, ac plane pium exactissimam ab Episcopis, post obitum exigendam rationem, non minus graviter quam lepide represens, Lutetia, 1542

Practica criminalis canonica in qua omnia fere flagitia quae a clericis committi possunt, Lungduni, 1543

Aviso de curas, muy provechoso para todos los que exercitan el oficio de curar animas, Alcalá de Henares, 1543 (intr. y ed. de J. L. Tejada Herce, Madrid, Fundación Universitaria Española-Universidad Pontificia de Salamanca, 1996; ed. sólo de la primera parte en Alcalá de Henares, 1539)

Doctrina y Amonestación caritativa, Estella, 1547

Instrucción para los visitadores de su obispado, 1548 (inéd.)

Historiae Sanctorum Episcoporum, 1551 (inéd.)

Carta desde Trento, Alcalá de Henares, 1553 (intr. y ed. de T. Marín Martínez, Barcelona, Juan Flors, 1962)

Antidotum desperationis ac christianae spei robur ex variis Sacrae Scripturae et Sanctorum locis excerptum, Salmantica, 1553

Missale secundum consuetudinem Calagurritanae et Calciatensis ecclesiarum, Lungduni, 1554

Instrucción para las Arcas de Misericordia de este Obispado de Calahorra, Logroño 1554

Constituciones Synodales del Obispado de Calahorra y la Calzada, Lyon, 1555

T. Marín, “Primeras repercusiones tridentinas. El pleito de los cabildos españoles: su proceso en la diócesis de Calahorra”, en Hispania Sacra (HS), 1 (1948), págs. 325-349

C. Gutiérrez, Españoles en Trento, Valladolid, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), 1951, págs. 586- 607

T. Marín, “La Biblioteca del Obispo Juan Bernal Díaz de Luco (1495-1556)”, en HS, 5 (1952), págs. 263-326, y HS, 7 (1954), págs. 47-84

“El Obispo Juan Bernal Díaz de Luco y su actuación en Trento”, en HS, 7 (1954), págs. 259-325

“El Catalogus Sanctorum Episcoporum del obispo Bernal Díaz de Luco”, en HS, 16 (1963), págs. 373-458

J. I. Tellechea Idígoras, El obispo ideal en el siglo de la Reforma, Roma, Iglesia Nacional Española, 1963, págs. 45-65

T. Marín, “Díaz de Luco, Juan Bernal o Juan Bernardo”, en Q. Aldea Vaquero, T. Marín Martínez y J. Vives Gatell (dirs.), Diccionario de Historia Eclesiástica de España, t. II, Madrid, CSIC, Instituto Enrique Flórez, 1972, págs. 750-753

J. Martínez Millán (dir.), La Corte de Carlos V. Los Consejos y los consejeros de Carlos V, t. III, Madrid, Sociedad Estatal para la Conmemoración de los Centenarios de Felipe II y Carlos V, 2000, págs. 114-118.

Ignasi Fernández Terricabras