Se desconoce su edad al llegar a América, pero se puede suponer que llegó a Perú, desde Panamá, para unirse a Pizarro en Coaque. Probablemente estuvo en la conquista de Nicaragua con Hernando de Soto.

Aparece por primera vez como testigo vivencial de los hechos que narra en Pasao. Reaparece en la marcha de Pizarro y sus hombres desde Puna hasta Tumbes. Este formaba parte de la caballería. Participó de la ciudad de Cajamarca y de la captura del Inca Atahualpa, hechos que luego narrará. Miguel de Estete acompañó a Hernando Pizarro en su expedición hacia el templo de Pachacamac. En el reparto del rescate de Atahualpa, aparece recibiendo alrededor de 8.980 pesos de oro y 362 marcos de plata. Afirma el cronista Oviedo que ante la presión y la amenaza de muerte sobre el inca prisionero, Estete intentó protegerlo. Con cuatro soldados más quiso verificar si eran ciertos los rumores de la llegada de un ejército inca para liberar a Atahualpa. Participa en la fundación de la ciudad de Trujillo. Retorna a la Península, pero regresa en 1535 estableciéndose en Huamanga después de participar en su fundación. En 1537 aparece como vecino de la ciudad de Lima, tiempo después era vecino de Huamanga (1553). Su “Relación del viaje del capitán Hernando Pizarro, desde el pueblo de Caxamalca a Pachacamac y de allí a Jauja”, es un relato encargado por el gobernador Francisco Pizarro, se trata de una narración concisa de las acciones diarias de la expedición, concentradas por lo general en recoger las riquezas del templo. Describe los terrenos, los poblados, los caminos y puentes que llevaban a él. Parte que narra la llegada a Pachacamac; aparece insertada dentro de la crónica de Francisco de Xerez. La identificación del autor ha generado toda una polémica. Según Raúl Porras Barrenechea existieron varios soldados con este nombre: “Estete el veedor” que siguió a Pizarro a Jauja y Cuzco y que luego regresó a España en 1534. Otro que aparece en la repartición del rescate de Atahualpa y que se firmaba como Miguel de Estete de Santiago. [...]