Hijo de Alfonso IV el Benigno y de su segunda esposa, Leonor de Castilla. Al morir su padre y debido a las malas relaciones entre su madre y el nuevo monarca, su hermanastro Pedro el Ceremonioso, fue llevado a Castilla junto con su hermano Fernando.

Allí permaneció un año hasta que aparentemente se solucionaron las diferencias con el monarca aragonés.

Pedro el Ceremonioso llegó a un acuerdo con los representantes del rey de Castilla y de su hermana (su madrastra) para zanjar las diferencias existentes, y que consistió en devolver las posesiones y rentas a Leonor y a sus hijos. Por dicho acuerdo, Juan de Aragón recuperaba las localidades de Burriana, Castellón de la Plana y Liria, pero debido a la oposición de los habitantes de dichas poblaciones, que no querían abandonar la jurisdicción real, fueron sustituidas por Elche, Crevillente, que hasta entonces tenía el tío del Rey el infante Ramón Berenguer. De hecho, el enfrentamiento entre el nuevo monarca y sus hermanastros venía marcada por la voluntad de la reina Leonor de Castilla de crear un rico patrimonio señorial para sus dos hijos en el reino de Valencia y que ya lo había conseguido en vida de su esposo Alfonso el Benigno. Debido a la tensa situación provocada por el conflicto de la Unión, la reina viuda Leonor y sus dos hijos, los infantes Fernando y Juan, se instalaron en la corte de Alfonso XI de Castilla en 1349. [...]