Isabel era hija de Juan, duque de Beja y administrador de la Orden de Santiago por decisión de su padre el rey Juan I de Portugal. Su madre era Isabel, la hija del conde de Barcelos, Alfonso, primer duque de Braganza. En consecuencia, Isabel era prima carnal del rey Alfonso V de Portugal (1438-1481). No se sabe exactamente ni cuándo ni dónde nació, aunque algunas fuentes señalan el año de 1428 como el de su venida al mundo. Nada se conoce sobre su niñez ni tampoco sobre su adolescencia en tierras portuguesas.

La primera noticia veraz de que se dispone acerca de ella es la de la negociación de su matrimonio, y dadas las circunstancias que la rodearon, no debió constituir un recuerdo agradable para la joven princesa. En 1445 el gobierno de Juan II de Castilla, dirigido por el condestable Álvaro de Luna, hacía frente al “partido nobiliario” de los infantes de Aragón en los alrededores de Olmedo. La confrontación tuvo lugar el 15 de mayo de aquel año, y no fue más que el típico encontronazo, con pocas bajas, en que se convirtieron muchas de las batallas medievales. Fue una victoria para el rey de Castilla y el “monarquismo” de su valido, pero, antes de que se resolviera con tanta facilidad, las predicciones en la Corte castellana apuntaban hacia un enfrentamiento de gran calado, tanto que el condestable no había dudado en solicitar los refuerzos que pudiera proporcionarle el vecino reino de Portugal, en aquel momento gobernado por un amigo personal de Álvaro de Luna, Pedro de Portugal, a quien le unía, además de la misma dignidad de condestable, una cierta afinidad en planteamientos políticos. [...]