Descendía de la ilustre familia de los marqueses de Villa-Torre. Hijo del general de Artillería de las Cuatro Villas de la costa de Cantabria, Juan Ibáñez y Agüero, y de Catalina de la Riva-Herrera y Sota. Cursó con lucimiento la carrera eclesiástica, obteniendo en 1658 una beca en el colegio mayor de San Ildefonso de Alcalá de Henares y, poco después, una cátedra de Artes de su Universidad. Accedió en 1663, tras reñidas oposiciones, a la penitenciaría de la catedral de Burgo de Osma; en 1668 a la magistral de Málaga y en 1680 al Arcedianato de Ronda.

Informado Carlos II de sus acrisoladas virtudes y de su ciencia eminente, le propuso para el Obispado de Ceuta, del cual tomó posesión el 18 de junio de 1680, resignándolo el 23 de mayo de 1687, al ser promovido para el Arzobispado de Zaragoza, para el que había sido presentado por Real Cédula dada en el Buen Retiro (Madrid), el viernes, 13 de septiembre de 1686, sucediendo en el puesto a Diego de Castrillo, obispo de Cádiz, fallecido tres meses antes. [...]