Era el único hijo varón de José de la Riva Agüero y Basso Della Rovere, caballero de la Orden de Carlos III, y de María Josefa Sánchez Boquete y Román de Aulestia, cuyo hermano, Mariano Sánchez Boquete y Román de Aulestia, fue el IV marqués de Montealegre de Aulestia. Pertenecía, por lo tanto, a la nobleza virreinal, siendo su padre superintendente de la Real Casa de Moneda en Lima, con ilustres parientes en España; y su madre miembro de una de las primeras familias de la Ciudad de los Reyes (Lima) en el virreinato del Perú, a la que Felipe V le confirió el referido título en 1734. José Mariano de la Riva Agüero tuvo una sola hermana, Josefa de la Riva Agüero y Sánchez Boquete, que casó con Juan María de Gálvez y Montes de Oca, intendente del partido de Tarma.

Como muchos de los miembros de su clase, tuvo formación en el Ejército virreinal. Pronto se hizo notar por su carácter y por su afán de liderazgo, nutrido por la atención que desde su nacimiento recibiera de sus mayores, especialmente de su familia materna (de cuyo título era el eventual heredero). Fue enviado a España a comienzos del siglo XIX para completar su educación y seguir la carrera naval, proceso que interrumpió por visitar Francia tras la coronación de Napoleón I. De regreso en España, fue en 1807 hecho caballero de la Orden de Carlos III, como lo hubiera sido su padre años antes. Al poco tiempo, la invasión napoleónica de España le hizo participar en algunos enfrentamientos contra los franceses, concretamente en Guipúzcoa, en Burgos y en Córdoba. Al parecer, tuvo contactos con algunos criollos que desde España ya conspiraban por lograr la independencia americana, lo que decidió regresar a Perú para alentar dicha causa. Consiguió, para tal fin, que en 1810 se le nombrara contador y juez conservador del ramo de suertes y loterías del Tribunal Mayor de Cuentas de Lima. Tuvo dificultades en el viaje de regreso, concretamente en Buenos Aires, Montevideo y Mendoza, pues las autoridades españolas tenían noticias de sus actividades. Tras llegar a Lima se vinculó a varios intelectuales y aristócratas que, siguiendo los acontecimientos americanos, querían imitar a los rebeldes de Chile y Buenos Aires, ciudades en que se instalaron Juntas de Gobierno de corte independentista. Formó parte de una logia masónica que se reunía en su casa o la de alguno de sus pares, como José Matías Vásquez de Acuña y Menacho, VII conde de la Vega del Ren. [...]