Nació en el seno de una familia hidalga, aunque de ascendencia judía, si bien este extremo trató de ocultarse gracias al recurso a una falsa genealogía que pretendía convertir a la familia en cristiana vieja, extremo que fue aceptado por su biógrafo del siglo xvii, Francisco Pinel y Monroy, que escribió por encargo de sus descendientes. Parece que sus antepasados por línea paterna se convirtieron al cristianismo en relación con las predicaciones de San Vicente Ferrer, hecho que era bien conocido por los coetáneos de Andrés de Cabrera, entre ellos Juan Pacheco, marqués de Villena, quien llegó a atizar el estallido de un tumulto anticonverso en Segovia, con el propósito de arrebatar a Cabrera el poder que tenía en la ciudad. Avanzado el siglo xvi, los orígenes del linaje eran objeto de discusión, con el disgusto de sus miembros, que lograron que Felipe II terciara en el debate para declarar la limpieza de sangre de la familia, dando la cuestión por definitivamente zanjada. [...]