Proclama al clero del obispado del Tucumán, de su provisor gobernador el señor doctor don Gregorio Funes, deán de la misma iglesia, Buenos Aires, Imprenta de los Niños Expósitos, 1809

Explicación, y reflexiones sobre la ultima proclama que ha dirigido á la America el Consejo de Regencia, Gobernador de Cádiz, y la Isla de León el 6 de septiembre del año pasado de 1810, Buenos Aires, Imprenta de los Niños Expósitos, 1811

Papel que da al público el deán de Córdoba, ~ , con ocasión de la retirada de Goyeneche, Buenos Aires, Imprenta de los Niños Expósitos, 1812

Carta de un individuo del interior residente en Buenos Aires a un amigo suyo, Buenos Aires, Imprenta de los Niños Expósitos, 1813

Plan de estudios para la Universidad de Córdoba, Córdoba (Argentina), Imprenta de la Universidad, 1832 (redactado en 1813)

Oración patriótica, que por el feliz aniversario de la regeneración política de la America Meridional dixo [...] Don Gregorio Funes [...], Buenos Aires, Imprenta de los Niños Expósitos, c. 1814

Todo hombre tiene derecho á la buena reputacion, que le hayan merecido sus acciones [...], Buenos Aires, Imprenta de los Niños Expósitos, c. 1814

Historia de las Provincias Unidas del Río de la Plata, 1816-1818 [s. l., s. n., 1875 (Buenos Aires, Imprenta del Porvenir)]

Examen crítico de los discursos sobre una constitución religiosa, considerada como parte de la civil, Buenos Aires, Imprenta de Hallet, 1825

Ensayo de la historia civil del Paraguay, Buenos Aires y Tucumán, Buenos Aires, Talleres Gráficos de L. J. Rosso, 1910.

Embajada Española en Argentina, Correspondencia oficial del embajador de España, residente en el Brasil, con el Dr. D. Gregorio Funes Dean de la Catedral de Cordova, Buenos Aires, Imprenta de la Independencia, s. f.

A. Zinny, Efemeridografía argirometropolitana hasta la caída del gobierno de Rosas, Buenos Aires, Imprenta del Plata, 1869

J. F. Silva, El Libertador Bolívar y el deán Funes en la política argentina, Madrid, Editorial América, ¿1918?

Biblioteca Nacional de Argentina, Catálogo de manuscritos: papeles de Gregorio Funes-Simón Bolívar-Antonio José de Sucre (1823-1828), Buenos Aires, Biblioteca Nacional, 1939

G. Fúrlong, Bio-bibliografía del deán Funes, Córdoba (Argentina), Imprenta de la Universidad, 1939

Biblioteca Nacional de Argentina, Catálogo de manuscritos: papeles de Gregorio Funes, índice del Plan de Estudios para la Universidad Mayor de Córdoba, Buenos Aires, Biblioteca Nacional, 1940

C. A. Luque Colombres, El Deán Doctor Don Gregorio Funes: Arraigo de su familia en América, Córdoba (Argentina), Imprenta de la Universidad de Córdoba, 1943

R. Quintana, Archivo del Doctor Gregorio Funes, Deán de la Santa Iglesia Catedral de Córdoba, Buenos Aires, Biblioteca Nacional, 1944- 1949

L. R. Altamira, El Deán de Córdoba: actuación del Pbro. Dr. D. Gregorio Funes en la primera silla del Cabildo Eclesiástico de su ciudad natal, Córdoba, Instituto de Estudios Americanistas, 1949

L. R. Altamira, El Deán Gregorio Funes primer historiador del general San Martín, Córdoba (Argentina), Universidad Nacional de Córdoba, 1950

R. I. Peña, El pensamiento político del Deán Funes, Córdoba, Facultad de Filosofía y Humanidades, Instituto de Estudios Americanistas, 1953

J. A. Wilde, Buenos Aires desde 70 años atrás (1810-1880), vol. II, Buenos Aires, Editorial Universitaria de Buenos Aires, Serie del Siglo y Medio, 1961

G. Bleigberg, (dir.), Diccionario de Historia de España, vol. II, Madrid, Alianza Editorial, 1979

E. Bischoff, Historia de Córdoba, Buenos Aires, Editorial Plus Ultra, 1989

R. Garzón, Sobremonte, Córdoba y las invasiones inglesas, Córdoba, Corregidor Austral, 2000

N. Calvo, R. Di Stefano y K. Gallo, Los curas de la Revolución, Buenos Aires, Emecé, 2002

R. Carbia, La Revolución de Mayo y la Iglesia, Buenos Aires, Nueva Hispanidad, 2005.

Diccionario Biográfico Español