Hijo de Luis de la Cerda, I duque de Medinaceli y I conde de El Puerto, fallecido el 25 de noviembre de 1501, y de Catalina Vique de Orejón de El Puerto de Santa María. Habiendo muerto Leonor, su hija legítima nacida de su segundo matrimonio con Ana de Aragón y de Navarra, hija del príncipe de Viana y que había casado con el I marqués del Cenete, a Luis de la Cerda le preocupaba en gran manera su sucesión. Fue entonces cuando contrajo matrimonio con Catalina y reconoció por heredero universal a Juan.

El proceso de legitimación de Juan de la Cerda, mediante el tercer matrimonio de su padre, que implicaba por sí mismo la sucesión en el mayorazgo, fue un proceso complejo que requirió la emisión de un dictamen por una comisión de teólogos y juristas de Alcalá de Henares y del apoyo decidido de los Reyes Católicos. Para conseguir este apoyo, el I duque de Medinaceli hubo de comprometer en matrimonio a su hijo Juan con Mencía Manuel de Portugal, nieta del primer duque de Braganza, dama y prima segunda de la reina Isabel. Era un matrimonio que interesaba especialmente a la Reina Católica, pues anteriormente había pretendido que dicha señora casara con el propio I duque de Medinaceli, pretensión que éste, casi sexagenario, rechazó alegando que “estava más para el otro mundo que para éste”. Antes de fallecer, el I duque de Medinaceli se ocupó de que Juan de la Cerda recibiera pleito-homenaje de cada una de las poblaciones de sus estados. A su muerte, en noviembre de 1501, el apoyo de los Reyes Católicos para que la sucesión se realizara como estaba previsto fue decisivo, en primer lugar ordenando a los oficiales de los estados de la Casa que los defendieran frente al cerco militar a que los había sometido el hermano menor del I duque de Medinaceli, Íñigo López de Mendoza, señor de Miedes, apoyado por el duque del Infantado y, en segundo lugar, por la inmediata dispensa a Juan de la Cerda de su minoridad para que, con apenas dieciséis años, pudiera administrar el mayorazgo. Era señor de las villas de Cogolludo, Derza, Enciso, Luzón y Cihuela (denominada entonces Ciguela) y conde de El Puerto de Santa María. [...]