Hijo natural de Fernando de Borja, mayordomo de la emperatriz María de Austria (hija de Carlos V, casada con el emperador Maximiliano en 1548) y comendador de Calatrava y nieto de san Francisco de Borja, IV duque de Gandía. Es miembro de la familia Borja, de origen aragonés establecida en Valencia desde fines del siglo XIII, y cuyo ascenso social y político comenzó desde el apoyo a Pedro IV el Ceremonioso en la guerra de la Unión (en la que el Rey se enfrentó a los Privilegios de la Unión, otorgados por Alfonso III en 1237 a la Unión de nobles, mesnaderos, caballeros e infanzones de los reinos de Aragón, Valencia y Ribagorza, y que limitaban la creciente autoridad del poder real). Entre los Borjas destacan los que se establecen en Italia: Alonso de Borja (1378- 1458), obispo de Valencia, papa Calixto III; Rodrigo de Borja (1431-1503), papa Alejandro VI, que favoreció desde Roma la política exterior castellana y especialmente su expansión por el Nuevo Mundo, tiene varios hijos antes y después de su pontificado, el mayor Pedro Luis, compró al rey Fernando V el Católico (1452-1516) el ducado de Gandía, y a su muerte pasó a su hermano Juan, quien en 1488 se casa con María Enríquez de Luna, prima del Rey (pero es asesinado en Roma el 14 de junio de 1497, y su familia piensa que había sido César Borgia —Borja—); y desde entonces esta rama española se desentienden de los asuntos italianos, mientras el resto de hijos de Alejandro VI, que permanecen en Roma, cambian de apellido por el de Borgia. Tras la muerte de Alejandro VI, en 1503, comienza el declive familiar, con la excepción de Lucrecia Borgia (hija de Alejandro VI y hermana de César de Borja, duquesa de Ferrara —al contraer terceras nupcias con Alfonso de Este—, en 1501, y que gobernó su ducado en la Corte napolitana, a partir de 1505 hasta 1519. Mientras, que en España sobresale Francisco de Borja, IV duque de Gandía (san Francisco de Borja). [...]