Sus orígenes familiares estaban entroncados con los duques de Monteleone —por vía de su padre Antonio Pignatelli— y con la Grandeza de España —por vía de su madre, Francisca Moncayo Fernández de Heredia, marquesa de Mora y condesa de Fuentes—.

Una familia relacionada con el Reino de Nápoles e, incluso, un tío abuelo paterno de Pignatelli fue elegido Papa con el nombre de Inocencio XII (1691- 1700). Habitaban en Zaragoza, en el palacio que había sido de los Villasimpliz y de los Camarasa. José era el séptimo de ocho hermanos. A los cuatro años contempló la muerte de su madre, y permaneció en Nápoles al lado de su hermana María Francisca, condesa que era de Acerra, hacia la cual guardó siempre un cariño especial. Regresó a Zaragoza, junto a su hermano mayor Joaquín Pignatelli, y estudió Humanidades en el Colegio de los jesuitas. De allí nació su deseo de entrar en la Compañía de Jesús y lo hizo en Tarragona, en mayo de 1753, una casa perteneciente a la provincia de Aragón, que entonces vivía un importante renacimiento cultural, además de una destacada tradición ascética. Dos años discurrieron de noviciado en aquella antigua ciudad romana, en el cual contó con Juan Andrés como connovicio suyo. A este período continuó el trienio de Filosofía en el Colegio de Calatayud —entre 1756 y 1759—, completando la formación con un curso de Humanidades en Manresa. [...]