Descendiente de una vieja familia criolla, con mezcla de sangre indígena. Su padre fue gobernador de armas en Santiago de los Caballeros. Estudió Leyes y Teología en el colegio y seminario conciliar Gojón de Santo Domingo. Abogado con exequatur otorgado por la Real Audiencia en 1716. Clérigo menor en 1715 y canónigo doctoral en 1716. Su aspiración a recibir sagradas órdenes encontró la oposición del Cabildo de Santo Domingo por carecer de pureza de sangre. Cuando fue el único aspirante a una canonjía doctoral, el Cabildo ordinario de la Catedral de Santo Domingo le otorgó esa designación pese a la citada oposición de “ser público y notorio hijo de una mulata que le legitimó el capitán don Pedro Morel por el consiguiente matrimonio que contrajo con ella”. Los que se oponían a su consagración decían que tenía una abuela india.

En vista de ese mal ambiente local, salió de la isla y fue consagrado sacerdote en La Habana en 1718, donde permaneció. Ese mismo año fue designado subdiácono en 1718 y visitador de parroquias en 1719. Se le tuvo por “varón recto de muchos merecimientos y excelsas virtudes”. Fue deán de la Catedral de Santiago de Cuba en 1719. Morel de Santa Cruz fue propuesto para obispo de Nicaragua en 1749 y consagrado en esa posición en Cartagena en 1750, pasando a ocupar su diócesis hasta 1753 en que fue nombrado obispo de Cuba (con sede en la ciudad de Santiago), cargo que ocupó por quince años, hasta morir el 30 de diciembre de 1768, a los setenta y cuatro años de edad y fue enterrado en la iglesia mayor (hoy catedral) de La Habana. [...]