Hijo natural de Alejandro Farnesio, quien subió al solio pontificio en octubre de 1534 con el nombre de Paulo III rebasando en cuestión de nepotismo todo lo conocido hasta entonces en aras del engrandecimiento definitivo de su casa. Pedro Luis Farnesio había casado en 1513 con Girolana Orsini, y fue enviado por su padre en reiteradas ocasiones en misión de paz antes de que se produjera su primer encuentro con el Emperador en Roma en 1536. En 1537 fue nombrado por su padre conde de Rouciglione.

Cuando en 1538 se abrió la crisis previa a la tercera guerra entre Carlos V y Francisco I y Paulo III se decidió a intervenir de forma personal y directa en las entrevistas de Niza para tratar de poner paz entre ambos contrincantes, las conversaciones entre el Papa y el Emperador se centraron por entonces en la celebración del Concilio y en el futuro de la Santa Liga firmada contra el Turco por España, Roma y Venecia, y se sellaron con provechosos beneficios para los Farnesio concretados en la concertación del matrimonio de Margarita (futura Margarita de Parma), la hija natural de Carlos V nacida en 1522 y legitimada en 1529, con Octavio Farnesio, conde de Camerino, nieto de Paulo III, e hijo de Pedro Luis de Farnesio, que contaba con trece años de edad, y la cesión del marquesado de Novara con todos sus dominios y 20.000 ducados de renta a favor del propio Pedro Luis, sin que por ello se lograra que el Papa se decantara de manera clara y definitiva por Carlos V frente a Francisco I. [...]