Pese a que la documentación —y Colón— los distingue claramente, los dos amigos y confidentes que Colón tuvo en el monasterio de La Rábida, fray Antonio de Marchena y fray Juan Pérez, han sido malinterpretados y confundidos por la historiografía tradicional. Si Alejandro Geraldini creó un fray Juan de Marchena, López de Gómara y Antonio de Herrera inventaron un fray Juan Pérez de Marchena; el padre Las Casas desconocía a qué orden pertenecía fray Antonio e ignoraba los servicios que éste había prestado al almirante. Los testigos de los Pleitos Colombinos que lo citan no lo conocieron personalmente.

Ya J. M. Asensio y J. Coll, a finales del siglo xix, aportaron documentos sobre Marchena distinguiéndolo de fray Juan Pérez, pero quien resolvió el dilema definitivamente fue el padre Ángel Ortega en 1925.

Se ignoran los datos biográficos de la juventud del fraile astrólogo e, incluso, se desconoce si el apellido Marchena es el real de su familia o un gentilicio dado por la Orden seráfica. En 1473 era guardián del convento de San Esteban de los Olmos, en el valle de Cótar, cerca de Burgos. Años más tarde, en 1487, se trasladó a Andalucía para ser “custodio de la Custodia de Sevilla de la observancia de San Francisco”, y así consta en el documento fundacional del convento de Nuestra Señora de Gracia en Jaén. Por error, fray Pedro de Salazar, en su Crónica de la Provincia de Castilla, redactada en 1612, consignó que “el décimo cuarto vicario provincial fue el padre Antonio de Marquina”, sin duda por una mala lectura del documento que cotejó. Como demostró el padre Ortega, de 1499 a 1502 fue Marchena el vicario provincial de la provincia franciscana de Sevilla, según se lee en el Acta de concordia entre la Custodia de Domus Dei y la provincia de Santoyo en Castilla, fechada en el convento de San Juan de los Reyes de Toledo el 2 de noviembre de 1499. Entre los que se hallaban presentes al firmarse el documento figura “frater Antonius de Marchena Vicarius Castelle”. En el Capítulo de la Orden, celebrado en Murcia en 1502, fue designado guardián del convento de San Francisco de Murcia por un trienio (1502-1505) y como tal lo encontramos presente en Madrid, el 7 de octubre de 1502, para dar solución a un pleito de la Orden en Aranda. [...]