Nació en el norte de Portugal en el seno de una familia noble, los Magalhais, que en 1095 se establecieron en Portugal procedentes de Borgoña. El lugar y la fecha de su nacimiento no se conocen con exactitud, aunque la mayoría de las fuentes se inclinan por Sabrosa (cercana a Vila Real) como el lugar en el que vio la luz por primera vez, otras fijan su nacimiento en Oporto, Lisboa o Ponte da Barca (distrito de Viana do Castelo). En cuanto a la fecha se puede afirmar que fue en torno a 1480.

Era el menor de los tres hijos de Ruy de Magallanes, hijo de Pedro Alonso de Magallanes, y de Alda de Mesquita, hija de Martín Gonzálvez Pimenta y de Inés de Mesquita. Sus hermanos se llamaban Isabel y Diego. [...]