Hijo de Andrés de San Martín y de Isidora Gómez, ingresó como soldado del Regimiento de Lisboa, en el que realizó cuatro campañas militares en África. En 1755 obtuvo el ascenso a sargento y seis años más tarde al de sargento primero. Con su unidad estuvo en Cantabria, Galicia, Guipúzcoa, Extremadura y Andalucía.

En 1764 fue destinado al Río de la Plata. Antes de partir, cuando se hallaba en Málaga, recibió los despachos de teniente de Infantería. A su llegada a Buenos Aires, el gobernador, teniente general Pedro de Cevallos, le encargó el entrenamiento e instrucción del Batallón de Milicias de Voluntarios Españoles. Fue trasladado a la Banda Oriental en mayo de 1765 con el objeto de participar en el bloqueo de la Colonia del Sacramento, en manos portuguesas. Algo más de un año después se le encomendó la comandancia del partido de Las Vacas y Víboras, actual República Oriental del Uruguay. Cuando se produjo la expulsión de los jesuitas fue comisionado para que ocupara y administrara la estancia de Caleras de Las Vacas, hasta entonces propiedad de la Orden. El 30 de julio de 1770 contrajo matrimonio por poder en Buenos Aires con Gregoria Matorras del Ser, prima del gobernador y capitán general del Tucumán Jerónimo Matorras. Los esposos se reunieron en la capital meses más tarde y establecieron su hogar en la citada estancia, hasta que se confió a San Martín el desempeño de teniente de gobernador del departamento de Yapeyú, que comprendía el pueblo de ese nombre y los de la Cruz, San Francisco de Borja y Santo Tomé. Allí permaneció, ya con el grado de capitán, hasta diciembre de 1780. Había recibido, al retirarse, un testimonio del corregidor, Cabildo y administración del lugar, en el que se puntualizaba que su conducta “ha sido muy arreglada, y ha mirado nuestros asuntos con amor y caridad, sin que para ello faltase lo recto de la justicia y ésta distribuida sin pasión, por lo que le quedamos muy agradecidos todos por su eficacia y celo”. [...]