Hijo del capitán Juan de San Martín y de Gregoria Matorras y del Ser, llegó a Cádiz a bordo de la fragata Santa Balbina, junto a sus padres y hermanos, en abril de 1784, y tras un corto período en esa ciudad, se estableció con su familia en Málaga. A la edad de catorce años ingresó como cadete en el Regimiento de Soria junto con su hermano mayor Manuel Tadeo, mientras el menor de ellos, José Francisco, futuro Libertador de Argentina, Chile y Perú, lo hacía en el de Murcia. Sirvió catorce años en dicho cuerpo, hasta alcanzar el empleo de capitán.

Se halló de refuerzo en la plaza de Ceuta desde el 9 de septiembre de 1790, hasta el 16 de julio de 1791 haciendo el servicio con los granaderos, y en el cordón contra Francia desde 17 de agosto de ese año hasta la declaración de guerra; en la batalla de Masdeu, en el ataque a Tuir, en la construcción de las baterías contra las trincheras de Perpiñán, la noche del 16 de julio de 1793; en el ataque de las mismas el 17 de ese mes; en el sitio y toma del castillo de Villa Franca y en la quema del pueblo de Deus. Fue nombrado ayudante del mariscal de campo Valentín de Belvio, hallándose en el ataque de Montalva, en el de Corbella, y toma de sus baterías; en Perastortas y Rivas Altas; en la defensa de Perella, en la batalla de Truillas, en la retirada del ejército a Bolo que sostuvo su regimiento; en la salida de Argeles, y en el asalto a San Xenís; en el ataque de las alturas del Bolo, en la acción de Montesquieu y en el desalojo de los enemigos en dos salidas en Requesen y una en San Lluc; en el ataque de las alturas del Coll, en el término de Puy de Orella, en la toma de siete cañones de montaña, junto a su hermano Manuel Tadeo; en el ataque y conquista de las alturas y baterías del Mar de Pills, Coll de Bañels y su villa; en el socorro de la expresada posición de Montesquieu, el 30 de abril de 1794; en la retirada del Rosellón al siguiente día, en el combate de San Lorenzo de la Muga, el 19 de mayo de dicho año; en dos salidas de Masarac, en el segundo ataque de la Muga, y en la última campaña, en la función del 14 de junio de 1795. Permaneció diez meses en prevención de contrabandistas y malhechores en el Reino de Valencia. [...]