Hijo de Pedro Fernández de Madrid y Graciela Fernández de Castro, fue abogado y médico por la Universidad del Rosario, en Colombia, y estuvo casado con María Francisca Domínguez Roche y de La Roche.

Prócer de la independencia de Colombia, como miembro de la Junta Suprema de Cartagena firmó el acta de independencia de la provincia de Cartagena, en 1811, y un año más tarde, en 1812, fue “convencionista” por Cartagena. Terminó siendo elegido presidente de las Provincias Unidas de Nueva Granada (Colombia), formando parte como miembro del triunvirato de 1814, y “durante su mandato” (Medellín y Fajardo), le correspondió negociar y capitular, en 1815, con el general realista Pablo Morillo. Seguidamente fue perseguido y apresado por las tropas realistas, y se “adhirió al gobierno español para salvar su vida” (Medellín y Fajardo). Posteriormente, fue desterrado y vivió en Cuba durante nueve años (1815- 1816 a 1824-1825), donde fue miembro de la Sociedad Económica de La Habana. Casado con María Francisca Domínguez, tuvo un hijo en La Habana, Pedro Fernández de Madrid, nacido en 1817. De regreso a Colombia, fue nombrado por el departamento de Santander agente fiscal en Francia (1826) y ministro plenipotenciario en Londres (1827), donde firmó un tratado de navegación y comercio entre Colombia y Gran Bretaña, y por esto Jorge A. Medellín y Diana Fajardo dirán que Fernández de Madrid ejerció funciones diplomáticas en Francia y Gran Bretaña, dos países claves en la independencia americana, a los que probablemente demandó ayuda política y económica para el desarrollo de la naciente república. [...]