Nació en Córdoba alrededor de 1530, hijo de Francisco Pacheco, señor de Almunia, y de María de Mendoza y Córdoba, hija del III conde de Cabra. Dedicó sus primeros años al estudio hasta que se doctoró en Derecho Canónico, llegando a ocupar el puesto de deán del Cabildo de Córdoba y asistiendo en 1570, como representante del monarca Felipe II, al capítulo provincial de la Orden Trinitaria que se celebró en la ciudad.

Fue designado por el papa Gregorio XIII, a petición de Felipe II, para el obispado de Málaga, el cual había quedado vacante por el traslado al arzobispado de Santiago del anterior obispo, Blanco Salcedo. Pacheco tomó posesión de la mitra malagueña el 14 de febrero de 1575, aunque su entrada en la ciudad se demoró hasta el año siguiente. [...]